当时，围城的倭寇头领还洋洋得意地认为此次避开了戚继光，台州之地唾手可得。在黎明时分，台州城城门悄悄打开，一支几千人的军队悄无声息地从城中出来，此时城外的倭寇还在睡梦之中。突然间，一杆绣有斗大的“戚”字大旗在队伍中树起，随即戚继光一声令下：“布好鸳鸯阵，向敌人进攻。”戚家军从天而降，倭寇个个惊慌失措，待他们回过神来时，鸳鸯阵已攻至大营。倭寇在营中东突西闯，可就是不能出阵。戚继光在后督阵，战鼓惊天动地，将士们力量倍增。每一小鸳鸯阵进退自如，队长打头开路，藤牌兵掩护全队，狼筅兵横冲直撞，锐不可挡，长枪兵、短刀兵配合默契，倭寇被打得“哇哇”怪叫，四处逃窜。戚家军紧追其后，直杀到澄江江边。倭寇纷纷跳入江中，溺死者不计其数。以后倭寇一听“戚家军”便提心吊胆。
为了防范倭寇的频繁骚扰，明朝廷任命俞大猷为平寇先锋。俞大猷重视以智取胜，采取清除陆上倭寇的办法，将倭寇逼退水中，再突出奇兵，纵火焚舟，然后全歼。依此战略战术，屡战屡捷。他在任浙江总兵期间，一举平定了与倭寇勾结的海盗徐海；又冒着大雪天，突发奇兵，扫除了宁波舟山一带的倭寇，使浙江全境的“倭乱”基本肃清。
嘉靖四十一年（1562年），倭寇大举进犯福建沿海地区，先后攻陷福清、长乐、兴化等地；后来又占据平海卫，企图以此为据点，进行更大规模的侵扰。朝廷急派俞大猷为福建总兵，戚继光为副总兵，会同刘显所率的部队前往围剿。
次年，俞大猷奉诏自赣南赶赴平海卫，来到驻扎于城外的刘显军中。当时，戚继光所率的戚家军还未到此，俞大猷与刘显、巡抚大臣谭伦筹划应敌方略。俞大猷审时度势，分析敌我双方力量，认为倭寇势大，士气正盛，而明军当下刚刚集结于此，若行强取，必然招致重大损失。因此主张围而不攻，集中优势兵力封锁各条要道，使敌难于突围；其他地方则可以凿沟布阱，虚设少量兵力，既能阻敌冲击，也可因地势疑惑敌人，使其军心大乱。待戚家军赶到之后，再大举进攻，
四月下旬，戚继光率兵赶到平海卫，明军力量已占绝对优势。谭伦按俞大猷的布置，分兵三路：俞大猷居右，刘显居左，戚继光居中，从要路分别杀入倭寇大营。倭寇此时士气低落，经不住排山倒海般的攻击，纷纷败退，又在逃跑时多被沟阱所陷，伤亡极大。明军大获全胜，歼敌计二千二百余人，解救大批被倭寇掳掠的百姓。接着，明军趁势攻兴化。戚继光率中军先行，俞大猷、刘显分率右、左二军跟上，大败倭寇，收复兴化。不久，俞大猷调至南赣，戚继光升任福建总兵。戚继光在仙游等地，又连破倭寇，将福建倭寇基本消灭。
嘉靖四十三年（1564年），俞大猷又调任广东总兵，招募农民武装万人，大破盘踞海陆丰的倭寇。次年八月，俞、戚两军配合，大败盘踞南澳的汉奸吴平率领的海寇。吴平等企图逃往安南，被明军击毙。至此，侵犯东南沿海的倭寇被全部消灭，为害长达两百多年的倭患才基本解除。
抗倭战争胜利后，福建等地日趋安定，商民出海贸易日渐增多，沿海工商业不断得到发展，有利于我国东南地区资本主义萌芽因素的成长。