专家们指出，转基因生物对人的健康有四种潜在的危胁。
第一种是基因危险。一种被植入某生物体的基因可能会不受控制地转移到另一生物体中，并使它发生变化。比如，一种被植入某类作物的基因可能会转移到土壤的细菌里，然后再转移到人体内。“某些转基因作物具有反抗菌素基因，”巴斯德学院研究员帕特里斯·古尔瓦兰说，“如果这些基因转移到某些对人体有害的病菌上去，那这些病菌将会变得异常难以对付。”不过，也有的科学家认为这种转移受很多条件限制，因而极难实现。
第二种是毒素危险。土豆、西红柿等农作物中天然生成的少量毒素有可能因为基因的改变而成倍增加，从而使这种作物变得不能食用。还有一些研究人员对于抗全能除草剂的作物大量增加感到担忧，因为那种除草剂的残留物可能会因此而越来越多地出现在我们的食品中。
第三种是过敏危险。花生、核桃、蛋类、蟹、虾等一些食物的致过敏性会通过基因进行扩散。法国国立农业研究院研究员让米歇尔·瓦尔举了美国一家农场培养转基因大豆的例子说：“为了使大豆中的蛋白质含量提示，他们向大豆中植入了核桃的2Ｓ蛋白。可是这种2Ｓ蛋白是一种公认的致过敏物质，它在转基因大豆中仍能保持活性，因此大豆的质量并没有得到提高。”
第四种是营养失衡危险。某些基因的植入会失去控制，进而改变作物的成分，甚至使其营养结构失去平衡。
然而，尽管存在种种问题，转基因生物的发展仍然有着广阔的前景。如何更好地利用这一新技术为人类造福，这是各国科学家们应该认真思考的问题。