明朝宦官横行，地方官员都对他们毕恭毕敬，极尽逢迎谄媚之能事，好一点的官员对待他们最多也就是敬而远之。但是杨继宗却从不苟同。有一次，一个太监路过嘉兴，杨继宗就礼节性地送给他一些当地出产的菱角之类的物产。这个太监没有得到自己想要的金银珠宝等贵重物品，很是生气，心中暗骂杨继宗不懂得规矩。他不甘心，又多次向杨继宗暗示。但是杨继宗却佯装不懂。这个太监急了，就明说向他索要钱财。杨继宗也不含糊，当即发出文书，派人到库房中领取金银。太监很高兴，以为又能够捞一笔外快了。然而杨继宗对太监说：“钱都在这里，请给我写个字据。”太监吓得连忙后退，不敢接受，只好灰溜溜地走了。
一次，杨继宗到京城朝见皇帝。皇帝身边的亲信太监汪直听说过杨继宗的大名，想要见一见他。汪直是明宪宗身边的第一红人，别人想见都见不到，这次却主动来邀请杨继宗，如果换成别人，一定非常高兴马上前往。但是杨继宗却不肯，他认为汪直就是一个太监，没有官员要前往去拜见一个太监的道理。汪直因此怀恨在心。后来明宪宗问汪直：“来朝见的这些官员中谁最廉洁？”汪直回答说：“天下不爱钱的，只有杨继宗一个人。”怀恨杨继宗的汪直尚且都这么说，可见杨继宗的确是相当清廉了。
杨继宗担任嘉兴知府期满后，被升迁为浙江按察使。在嘉兴离任时，他的好友张宁来为他送行。张宁对他说：“杨震以清白著称于世，尚有送上门的重金可以推辞。你治理一方，始终没有一个人敢趁夜登门行贿！”杨震名垂青史，而杨继宗青出于蓝而胜于蓝，所以后人称他为“廉中之廉”。在浙江按察使任上，他多次因为公事冒犯太监张庆。张庆就将这些事情告诉在司礼监任职的哥哥张敏，于是张敏就经常在明宪宗面前诋毁杨继宗。明宪宗说道：“你所说的人不就是那个不贪一文钱的杨继宗吗？”张敏一听，知道皇帝很器重他，马上写信给张庆说：“你要好好对待杨继宗，皇上已经知道他这个人了。”
杨继宗刚直孤峭、奉公无私、是非分明、明察秋毫。有一次，有几十个管理仓库的小官吏因为仓库少了粮食而被逮捕入狱。按规定，只有弥补库中的亏缺才能保证他们不受到处罚。但是由于库中亏空的粮食太多，以至于倾家荡产甚至卖儿卖女都没有办法还清。杨继宗推测其中定有蹊跷，但又一时找不到原因。有一天，下属给他送来俸粮，他看了一眼，发觉好像多了不少，就让人称量一下，果然发现超出了原来规定的数量，检查别的官吏也是如此。他终于悟出了仓库缺粮的原因。他准备向朝廷报告这件事，这样一来其他的官吏都很害怕，纷纷向杨继宗求情，希望拿出自己的俸禄来代替那些管理仓库的官吏们赔偿粮食。就这样，十多名仓吏都被放了出来。
得知母亲去世的消息，杨继宗立即离任出行，走的时候将官署中的器物全部清理交付给官府，只带着一个仆从、几卷书还乡。守丧结束后，他以右佥都御史巡抚顺天府。顺天有许多权贵的庄园，只要这些土地有从老百姓地方抢来的，他就把它没收还给百姓。杨继宗又上书陈述宦官和文武诸臣贪污残暴的状况，还请求将镇守边关和要塞的宦官召回朝廷。权贵们一天比一天恨他，终于找了个机会向皇帝进谗言，他被贬官云南。明孝宗即位后，杨继宗被任命为湖广按察使，这里贪腐之风甚烈，一到衙门，他马上命令人打来水把厅衙冲洗得一尘不染，然后再处理事务。他说：“我这是在清除污秽。”可见杨继宗对贪官污吏深恶痛绝。在任不久，杨继宗又被任命为佥都御史巡抚云南。在云南有许多杨继宗以前的老部下，大家一听他要来担任云南巡抚都分外高兴，准备摆筵席欢庆一晚。但是相见后，大家寒暄了一会儿，杨继宗就离开座位向这些属下揖礼说道：“明天还要处理公事，希望各位能够给予谅解。”到了第二天，杨继宗就弹劾了八个不称职的老部下。其他的地方官员看到杨继宗对自己的老部下都毫不留情面，也就不再存徇私枉法之想，开始认真办公，恪尽职守。这使得云南的吏治得到了很大的改善，风气焕然一新。弘治元年（公元1488年），杨继宗病逝在云南巡抚任上，朝廷追赠谥号为“贞肃”。