然而如果仅此而止，那么这部小说与西欧小说就没有什么太大的区别了。这部小说的新颖与深刻之处在于，它不仅揭露了现实生活中人们的贫困与无奈，更进一步以此为基点，从哲学与宗教的高度，思考了人的出路与归宿问题。
首先，从哲学的层面来说，小说思考了面对西方资本主义的现状及其文化冲击，在俄国个人该如何发展的问题。西欧自文艺复兴以来便高扬起个性自由的旗帜，启蒙运动更是为这一个性自由奠立了全面而理想的哲学与社会政治基础。然而到19世纪中后期，西欧资本主义发展的历史和现实却以活生生的事实证明，这种个人主义已发展为一种极其自私自利的个人主义，一切以自我为中心，为达目的不择手段，完全无视社会伦理道德规范，给他人和社会带来了极大的灾难，甚至成为整个社会不安定的根源之一。在西欧思想与文化的冲击下，俄国也开始出现类似于西欧的情况（小说中的卢仁、拉斯科尔尼科夫即为显例）。那么，个人究竟该以何种方式与途径发展自己的个性呢？这就是这部小说的重要主题之一。俄国学者弗里德连杰尔指出：“小说家通过对个别人的命运的分析把我们引导到有关过去与当代的全部文明的实质上来，而这种文明是建立在不平等和不公正基础之上的，是建立在一个人想靠肉体和道义上的暴行把自己的意志强加给别人的意愿上的。”弗里德连杰尔：《陀思妥耶夫斯基与世界文学》，上海译文出版社，1997年，第272页。作家通过拉斯科尔尼科夫的杀人抢钱以及犯罪后心灵深处激烈的善恶交战、最终的投案自首，彻底否定了他这种建立在西欧个人主义理论基础上的“非凡的人”的哲学（尽管拉斯科尔尼科夫的理论在某种程度上已并非西欧观念的再版，如他有一种朦朦胧胧的试图拯救穷苦大众的思想，他试图杀死一个百无一用而且危害人间的放高利贷的老太婆，以她一人的死换来成百上千人的生，详见第一章第六节），从而认为个人的发展不可能建立在自私自利、无视道德规范的基础之上。
进而，作家从宗教的高度开出了解决这一问题的处方。
作家生动地写到，拉斯科尔尼科夫虽然有一种类似于“超人”哲学的理论，并且在社会现实多种因素的刺激下把它付诸行动，但他犯罪后良心不安，被他蔑视的道德规范暗暗地惩罚着他的灵魂，他噩梦连连，疑神疑鬼，惶惶不可终日，几次打算到警察分局去投案自首。这样，这部小说所写的真正惩罚就是道德与良心的惩罚，它所描绘的是发生在主人公内心深处的道德和心理斗争。弗里德连杰尔精辟地指出：“在陀思妥耶夫斯基的小说中，主人公所犯下的罪行不仅触犯了社会法律，而且首先是触犯了那条最高的法律。这条法律的体现者，在陀思妥耶夫斯基看来，就是人民群众。这条法律已由永恒的不可磨灭的符号写在主人公的心上。所以，拉斯科尔尼科夫在杀死放高利贷的老太婆的时候，正如我们知道的，犯下了双重罪行：不仅杀死了她，而且也杀死了‘自我’，用‘剪刀’剪断了自己与周围人们和全人类的联系。拉斯科尔尼科夫犯下了双重罪行，所以也为之受双重的惩罚——刑事法律的惩罚和刻在他个人心上的道德法律的惩罚。拉斯科尔尼科夫的起诉人不是侦查员波尔菲里.彼得罗维奇，而是拉斯科尔尼科夫本人：主人公与包含在他自身的、即他良心上的道德法律的斗争决定了小说的情节和结构。”弗里德连杰尔：《陀思妥耶夫斯基的现实主义》，安徽文艺出版社，1994年，第210页。
个人的出路尤其是作为知识分子的个人的出路与归宿问题，一直是作家关注的中心问题。早在1860年9月，他就在《当代》杂志上发表过一篇后来被称为“土壤派”（一译“根基派”、“根基主义”）19世纪50年代在俄国形成的一个文学批评流派和一种文化思潮，代表人物为陀思妥耶夫斯基、格里戈里耶夫、斯特拉霍夫，对俄罗斯命运的关怀和对俄罗斯民族精神的信念把他们结合起来，他们以陀氏兄弟创办的大型文学政治杂志《当代》（1861—1863）和《时代》（1864—1865）为中心和阵地，既反对革命民主主义者的唯物主义美学，又反对“纯艺术派”的唯美主义理论，而认为俄国社会的动荡不安和道德信念的沦丧在于俄国有教养的知识阶层长期脱离人民这一根基，出路在于知识分子必须与人民结合，吸取俄罗斯民族性格的根本因素——虔诚的基督教博爱精神和忠君思想，这样才能使俄国社会各阶层克服内部的矛盾冲突和信仰危机，重振俄国的经济文化，甚至为陷于道德精神危机的西欧社会指明新的出路。他们认为，真正的艺术体现的是人和人类思想，即基督精神，它永远能促进社会的道德进步和个人的道德完善，永远是人民的和民主的艺术，而普希金是俄罗斯精神和俄罗斯民族性格的最完美的体现者，他的艺术天才无可争议地表现了俄罗斯精神对于全人类兄弟般团结的追求。宣言的声明。在声明中，他认为俄罗斯民族是一个出类拔萃的民族，它的任务是建立一种本民族所固有的形式，这种形式源于自己的“土壤”（或“根基”）——人民精神和人民大众。“我们本来活动的特点应该真正是全人类性的，俄罗斯思想也许会把欧洲各个民族以顽强意志和勇敢精神发展起来的各种思想融合起来，那些思想中一切敌对的因素也许会同俄罗斯民族性协调起来，并得到进一步发展。”而要真正做到这一点，首先必须让俄国知识分子与人民群众结合起来，因为俄国人民群众尤其是农民笃信宗教，温顺谦恭，逆来顺受，富有博爱精神，具有极强的自我牺牲精神，是道德的表率。可在俄国历史上，自彼得大帝改革以来，知识分子与人民群众只有过一次结合，那就是1812年的抗法卫国战争。当前，在西方思潮与文化的冲击下，俄国知识分子完全可以而且应该和人民群众结合起来，一起推行各阶级和睦相处的宗法制田园生活，这既与欧洲先进的社会思想相接，又植根于俄国民族历史的“土壤”之中。在《罪与罚》中，作家通过拉斯科尔尼科夫等的形象，把自己声明中的理论具体化、形象化了。