明朝初年，执行了恢复生产的“重农政策”。出身贫苦农民的朱元璋懂得农民是国家经费的主要负担者，知道他们的生活十分困苦。当皇帝后，带着他的长子朱标到乡间去看看，并告诫道：“汝知农之劳乎？夫农勤身体，务五谷，身不离畎亩，手不释耒耜，终日勤勤，不得休息。其所居不过茅茨草榻,所服不过练裳布衣,所饮食不过菜羹粝饭,而国家经费从其所出。”他要儿子对农民“取之有制，用之有节，使之不至于饥寒”。
大规模元末农民起义为明初的恢复生产创造了有利条件，红巾军消灭和驱逐了许多蒙古和汉族的大地主，使明政府手里掌握了大量土地，得以移民垦荒。朱元璋责成地方官，招徕无籍流民垦荒，政府给耕牛、种子，并以垦田多少作为赏罚官吏的标准。鼓励人民到山东、大河南北特别荒芜的地区，尽量开荒。在移民垦荒中还有一项重要的措施，即迁徙不愿追随元顺帝逃到塞外去的蒙古人，即所谓“沙漠遗民”三万多户屯田北平（今北京市）附近。他们开垦了一千多顷荒地，与汉族人民共同生活，在政治上不受歧视，这种开明的政策比较元朝的种族歧视要高明得多。
经过农民辛勤的劳动，到了洪武二十六年（1393年），许多荒地都已垦成熟土，全国垦田面积达到八百五十万顷，户口也增加至一千六百万户、六千万人，比元朝的极盛时期，增加了三百四十万户、七百万人。
为了加强对土地和人口的控制，明政府在清丈土地和清查户口的基础上，分别编制了“鱼鳞图册”和“赋役黄册”。前者是全国耕地的总清册，按田主姓名、占地多少、位置方向以及土质优劣等，以文字和图形鳞次登记，状为鱼鳞，故称。它是产权和征收田赋的主要依据。后者是全国户口的总清册。它确立了里甲制度，规定一百一十户为一里，推举十户丁粮多的地主为里长，其余一百户为十甲，甲设甲首，由这些官员主持一里一甲之事。户口每里编为一册，作为官府派役的依据。每十年重新编审一次。里、县、府、布政使司依此层层造册，最后上报户部。因封面为黄纸，故称“黄册”。
明初的赋役制度，仍沿袭唐宋的两税法。规定每年向官府交纳“夏税”和“秋粮”，夏交麦，秋交米，称为“本色”，折成银、钞或绢布等实物交纳的，称为“折色”。一般是官田亩税五升三谷五勺，民田减二升。
另外在兴办屯田和兴修水利方面，明政府也相当重视。屯田有军屯、民屯和商屯。军屯就地解决军粮，民屯可合理分布劳动力，商屯是对军屯的补充，对于边境开发有积极意义。明初的水利兴修工程成绩很大，特别是南北大运河已全线畅通，加强了南北的经济联系。
在政治制度上，明初仍然沿袭元朝旧制。只是在洪武十一年（1378年）逐步地废除中书省，不再设置丞相一职，把全国行政大权集中在皇帝手中。与此同时，提高了吏、户、礼、兵、刑、工六部的地位。各部执行皇帝的命令，直接对皇帝负责。此外，设都察院和大理寺与刑部共掌刑法，合称“三法司”。这样，实行了一千多年的丞相制度被废除了。
朱元璋还对地方政治制度进行了改革。洪武九年（1376年）宣布废除行中书省，改设承宣布政使司，设左右布政使一人，只管民政与财政，另设提刑按察使司管司法与刑狱，都指挥使司管地方卫所军事务，合称“三司”，分别受中央有关部、府管辖。洪武年间，以南京（包括今江苏、安徽）为直隶，其他各地设十三个布政使司。有明一代，基本上是将全国分为南北直隶和十三个布政使司。这样，对加强中央集权，巩固国内统一具有积极意义。
洪武初年，全国兵额约近三百万，朱元璋将大都府分为中、左、右、前、后五军都督府，分别管辖在京各卫所和外地各都司。但各军都督府只管兵籍，无权调兵。调兵权主要在皇帝手中。全国兵员按“卫所制度”编制起来。从中央到地方，普建卫所。大体是一郡设所，连郡建卫。百户所由一百一十二人组成，其长官称百户；千户所，由一千一百二十人组成，其长官称千户；五个千户所，即五千六百人组成一卫，其长官称卫指挥。军队另立户籍，称为军户，军户属世袭，不能脱籍。此外，明朝强化“厂卫”的恐怖统治，厂卫主要是指东厂、西厂、锦衣卫等特设机构。这些机构特权很大，直接对皇帝负责，办事不经任何法律手续。明初的许多大案，由锦衣卫负责办理。明成祖时，于1420年又设“东厂”，此后“厂、卫”并称。宪宗时又设“西厂”，武宗时再设“内行厂”，由是密探四布，层层监视，致使人人自危。明朝有重要的法典《大明律》，总的精神严于唐、宋之律。皇帝可以法外用刑。
为了加强皇权，保卫中央机构的安全，皇帝直接掌握有亲军十二卫；为了使朱家天下永保，朱元璋还把他的儿子分封各地，以达到屏藩王室、翼卫朝廷的目的。