到了元朝末年，土地更加集中，朝政更加腐败，各种矛盾激化。手中不准握有寸铁的农民还是举行了大规模的起义。
公元1344年，黄河一年三次决口，殃及冀、鲁、豫广大地区，以致“里人乏食，草木为粮”，广大人民流离失所，饿殍遍野。
严重的黄河水灾，给人民带来了灾难，影响元王朝的财政收入。公元1351年，朝廷派贾鲁为工部尚书，征发十五万民工和两万戍卒修治黄河故道。十五万民工聚集工地，是起义的绝好机会。白莲教首领、农民领袖韩山童和刘福通利用元朝开挖黄河故道，“大役劳民，而民益怨”的时机，在民工中宣传天下快要大乱，“明王已经出世，弥勒佛已经降生，光明就要到来了”。号召民夫起来推翻元朝。他们在工地上预先埋下一个一只眼的石人，并散布一首歌谣：“莫道石人一只眼，挑动黄河天下反。”四月，民工在河道上挖出了一只独眼石人，认为歌谣灵验，整个工地沸腾了。韩山童和刘福通看准这个有利时机，决定在河北永年县立即召开各地白莲教首领会议，共同研究起义问题。各地来的代表有三千人之多。
韩山童分析当前形势，宣读起义檄文。檄文痛斥了元朝统治下的贫富不均，民族不平等，是“贫极江南”，“富称塞北”，号召人们誓死推翻元朝：“虎贲三千，直捣幽燕之地；龙飞九五，重开大宋之天。”刘福通介绍了商量好的韩山童的身世，说他是宋徽宗的第八代子孙，改名换姓逃亡海外，如今从日本借来精兵，要与“蒙元小儿”争夺天下，并且还说自己是宋朝大将刘光世的后代，一定要辅佐韩山童夺取天下。会上群情激奋，最后决定当年农历八月十五日起义，众推韩山童为明王。可是，事不机密，韩山童被捕遇害，韩妻带其子韩林儿逃往河北武安（今河北武安县境内）山中躲藏。
刘福通逃回自己的家乡颍州（今安徽阜阳）柳沟村，准备提前发动起义。他先后联络了杜遵道、罗文素、盛文郁等人，共同研究起义办法，决定在农历五月初三起义。五月初三这天，红日东升，起义的教友按事先约定的装束，个个头扎红巾，到柳沟村集合。此次起义非常顺利。颍州官府听说柳沟村的百姓造了反，急令官军前去征讨。刘福通将义军分成两支，一支在八丈沟迎击官军，他自己率军乘虚攻下了颍州城。这一来，惊动了元顺帝妥靥睦尔，他诏令河南行省，迅速组织力量征剿刘福通义军。刘福通主动撤出颍州，挥师南下，攻克了元朝粮仓朱皋（今河南固始西北），开仓济贫。继而刘福通的义军又攻下罗州、真阳（今河南正阳）、确山、舞阳、叶县、汝宁（今河南汝南）、光州（今河南潢川）、息州（今河南息县）等地，义军发展到十余万人。因为他们缠红布为记，老百姓便称之为红巾军。
在刘福通颍州起义的带动下，长江、江淮流域等广大地区的农民纷纷起义，其中主要有：芝麻李、赵均用等起义于丰（今江苏丰县）、沛（今江苏沛县），攻占徐州；郭子兴、孙德崖等攻占濠州（今安徽凤阳东北）；布王三、孟海马等起义于湘汉流域；彭莹玉、徐寿辉等起义于蕲州（今湖北蕲春）、黄州（今湖北黄冈），并先后攻下今湖南、湖北、江西的大部分地区和今安徽、浙江的部分地区，以徐寿辉为皇帝，建号“天完”。这些红巾义军，以北方的刘福通和南方的徐寿辉两支最强。这两支义军的发展，将元朝统治区域南北隔绝，粮运中断，有力打击了元朝的统治者。
刘福通的红巾军，被元朝廷视为眼中钉，元顺帝多次派兵征讨。第一次派来的大将叫赫斯虎赤，他率六千装备精良的阿速兵来到河南。赫斯虎赤根本没把刘福通的义军放在眼里。三天来，赫斯虎赤没碰上一个红巾军，便更是不可一世。刘福通乘敌不备，来了个突然袭击，元军损失惨重，赫斯虎赤只带了几个残兵侥幸逃走。
赫斯虎赤兵败之后，元顺帝又派御史大夫也先帖木儿率三十万大军征讨刘福通义军。元军很快进抵刘福通义军总部所在地汝宁。刘福通分析了敌我双方的情况，决定暂撤出汝宁，化整为零，分散活动，骚扰敌军，再化零为整，集中优势兵力歼灭敌人。
也先帖木儿接受了赫斯虎赤失败的教训，到河南后处处小心，步步为营。他手下的将领巩卜班对主帅的作战指挥很不满意。元军来到上蔡之后，也先帖木儿命巩卜班为先锋，率兵五万去取汝宁。红巾军早从汝宁撤走，巩卜班不费一兵一卒占领了汝宁城。当晚，巩卜班大摆宴席犒劳三军，他喝得烂醉如泥。夜深人静，红巾军摸到巩卜班驻地，将他捉到城外的沙河岸边杀了头。巩卜班的死讯传到了也先帖木儿那里，这个主帅心惊胆战，惶恐不安。一个漆黑的夜晚，红巾军杀进城东沙河岸上的敌营里，杀死无数元军。驻在汝宁城中的也先帖木儿闻讯，急忙跨上战马逃跑。