但新法令遭到了旧贵族的反对。他们无能去打仗立功，不能做官受爵。实行连坐法以后，他们也不能为所欲为了。因此他们极力反对新法。在甘龙等贵族的唆使下，太子也出来反对。卫鞅将甘龙罢了官。可是，太子是国君的继承人，不便处分。卫鞅去找秦孝公，对他说：“新法令推行之后，效果显著，但还是有人反对。”孝公说：“谁反对就惩办谁。”卫鞅把太子反对、故意犯法的事说了，孝公既生气又为难，没有言语。卫鞅说：“太子当然不能治罪，但是新法令如果可以随便违犯，今后就不便推行了。”孝公问：“那怎么办呢？”卫鞅说：“太子犯法，都是他的老师唆使的，应该惩治他们。”孝公表示同意。这样，太子的老师公子虔被割了鼻子，公孙贾被刺了面。
几年以后，秦国更加富强。孝公认为卫鞅功劳很大，就提升他为大良造，并且派他带兵去攻打魏国。原来十分强盛的魏国，这时候已经衰弱下来，根本不是秦国的对手，连都城安邑也被秦军攻占了。魏国只得向秦国求和。卫鞅接着在国内进一步推行新法令，主要内容有：把国都从雍城（今陕西省凤翔县）迁到东边的咸阳，以便于向中原发展；把全国分成三十一个县，由中央直接委派县令县丞去进行治理，不称职的县官治罪；废除井田制度，鼓励开荒，谁开垦归谁，允许自由买卖土地；统一度量衡等。这些都是发展生产的有力措施，有利于巩固和发展新兴地主阶级的利益。新法令实行十年以后，秦国成为当时最富强的国家。周天子派人给孝公送来礼物，封他为方伯（一方诸侯的领袖），中原各国都纷纷前来祝贺，对这个新兴强国都刮目相看。
秦孝公十分喜欢。后来把商、於一带十五座城邑封给了卫鞅，表示酬谢。从此以后，人们就改称卫鞅为商鞅。
可是，没过几年，秦孝公病死。太子驷做了国君，即秦惠王。这对商鞅来说，是个沉重的打击。那些反对变法的旧贵族们，这时候全都活跃起来。他们到秦惠王那里，说商鞅的坏话。有人说：“大臣权力太重，国家就有危险。如今秦国人连妇女和幼童都开口只讲‘商君之法’，而不讲大王之法，未免太不像话！”还有人说：“商鞅本来就是大王的仇敌，如今大王做了国君，可得好好整治整治他！”好多年没有出过门的公子虔，也跑到宫里来，悄悄地对秦惠王说：“商鞅一向独断专行，不将大王放在眼里。要是不抓紧时间除掉他，实在是后患无穷！”
秦惠王早就恨透商鞅，听公子虔如此一说，便马上借口“商鞅谋反”，派人去擒拿商鞅。他们合计之后，竟然决定采用“车裂”的刑罚，处死商鞅。秦惠王下令，在刑场上准备五辆马车，分别套住商鞅的四肢和头颅。监刑官一声令下，商鞅就肢裂身亡了。
秦惠王可以杀掉商鞅，却无法抹掉商鞅的历史功绩。商鞅变法促使秦国迅速富强起来，成为当时各国中最先进的国家，为秦统一六国奠定了基础。