黄帝还把自己的女儿女魃（ｂá）叫来助阵。这女魃是个旱神，身上能散发出极大的热量，一般人不能靠近她。她每到一个地方，都是云开雨住，烈日当空，赤地千里，走到哪里就给哪里带来旱灾。女魃住在遥远的昆仑山上，黄帝平时不轻易放她出来，当然非常时刻是个例外。
最后决战的时刻终于来了。蚩尤首先从深山野林中驱赶来一群怪物，名叫魑魅魍魉（ｃｈìｍèｉｗǎｎɡｌｉǎｎɡ）。那魑魅长着人的脸，野兽的身子，叫的声音令人毛骨悚（ｓǒｎɡ）然②，非常凄惨吓人；那魍魉个子矮小，红眼睛红皮肤，披散着头发，人一见到它，就会被它迷住吃掉。
但黄帝成竹在胸。只见他一声令下，命人擂起夔牛鼓。那声音顿时惊天动地泣鬼神，犹如千军万马一齐冲锋。那些魑魅魍魉吓得魂飞魄散③，屁滚尿流，浑身瘫软。黄帝领军上前，很快就把它们轻松解决了。蚩尤一看大势不好，于是赤膊上阵，两手拿着矛和剑，凶悍勇猛的杀上前来。两军杀在一起，直打得地动山摇，风云变色。
黄帝见蚩尤不是省油的灯，就命令应龙喷水。蚩尤也急忙令风伯雨师刮起狂风、下起暴雨。应龙快要抵不住了，黄帝急忙叫女魃迎战。女魃接到命令，迎上前去，施起神威，从身上放射出滚滚的热浪、火气。没有多久，狂风暴雨就消失得无影无踪，烈日当头，天气渐渐燥热起来。风伯雨师这下没辄（ｚｈé）了，慌忙败走。黄帝乘胜追击，蚩尤的士兵死的死，伤的伤，哭爹喊娘。很多人纷纷丢下武器，向黄帝投降求饶。黄帝对俘虏都很宽厚仁慈，把他们感动得痛哭流涕，誓死跟随黄帝。
蚩尤见势不妙，“三十六计走为上计”，先保命要紧。他能在空中飞腾，在悬崖峭壁上行走就跟在平地上一样。黄帝乘胜追击，一定要捉拿这个罪魁祸首①。一直追到冀洲中部，还是没有逮住他。
这时，黄帝叫人把夔牛鼓使劲连敲几下，因为他忽然想起了仙人广成子教他的法子。说来也怪，蚩尤顿时用不上劲，只吓得魂不附体②，飞也飞不了，走也走不动，浑身瘫软，动弹不得。应龙轻松走上前去，像老鹰拎小鸡似的抓住蚩尤，给他戴上脚镣手铐。黄帝派人手起刀落，结果了蚩尤的性命。
杀蚩尤的时候，怕他挣脱跑掉，还不敢去掉他的手铐脚镣。直到蚩尤死透了，才解下鲜血淋漓的枷铐，扔在荒山野岭。后来，这枷铐变成了一片茂盛的枫树林，枷铐上的血迹就化作了鲜红如血的枫叶。黄帝怕他死后作怪，把蚩尤的头和身分别埋在相隔很远的两个地方。一处是蚩尤的七丈高的坟墓，每年十月，有一片红色云气从墓中冒出，直冲云霄，像一面绛（ｊｉàｎɡ）红色的旗子，人们叫它“蚩尤旗”；另一处有一个大盐池，池里的卤（ｌǔ）水是殷（ｙāｎ）红的，人们叫它“蚩尤血”。
在这场大战中，女魃和应龙虽然立了大功，但是他们用尽了神力，再也不能回到天上去了。女魃留在世上，逛（ɡｕàｎɡ）到哪儿，哪儿就干旱，造成灾难。应龙则与女魃相反，他游到哪儿，哪儿就一定发生水灾。人们叫苦连天。
黄帝知道后，命令女魃住在赤水以北，应龙住在遥远的南极，不准他们到处乱跑。但他们有时太调皮捣（ｄǎｏ）蛋，忍不住约束，还是经常跑出来闲逛。这时，苦的又是老百姓，黄帝却只能睁一只眼睛闭一只眼睛，真是拿他们俩没有办法。
自从黄帝战胜了炎帝和蚩尤之后，他就被尊称为中华民族的始祖和保护神。如今，世界各地的许多华人还到陕西桥山的黄帝陵墓来寻根问祖③呢。