先秦时期，在《史记》中有扁鹊的“六不治”。这六不治包括：信巫不信医；骄恣不论于理；轻身重财；衣食不能适；形羸不能服；衣食不能适；阴阳并，藏气不定。即六种病人：一是相信巫术不相信医道者；二是依仗权势，骄横跋扈的人；三是贪图钱财，不顾性命者；四是暴饮暴食，饮食无常者；五是病深不早求医者；六是身体虚弱不能服药者。他的医疗经验极其丰富，曾编撰过颇有价值的《扁鹊内经》九卷和《扁鹊外经》十二卷，可惜均已失传，这是祖国医学的极大损失。扁鹊在总结前人医疗经验的基础上创造总结出望（看气色）、闻（听声音）、问（问病情）、切（按脉搏）的诊断疾病的方法。在这四诊法中，扁鹊尤擅长望诊和切诊。当时，扁鹊的切脉技术高超，名扬天下。扁鹊无私地把自己的医术传授给门徒，他的徒弟子阳、子豹、子越等人都是有所成就的人。
扁鹊的最后命运却很悲惨，相传因为他名声过大遭人嫉妒，被秦国太医李谧陷害而死，这个故事具体是这样的。
当时秦武王与武士们进行举鼎比赛，不觉伤了腰部、疼痛难忍，吃了太医李谧（音西）的药，也不见好转，并且更加严重。有人将神医扁鹊已来到秦国的事告诉了武王，武王传令扁鹊入宫。这时太医李谥就不高兴了，他劝阻武王说扁鹊未必能治好病，万一出了差错，还有可能失聪失明。扁鹊听了之后气得把看病用的砭石一摔，说“大王愿意让我治病，却有一堆蠢人从中捣乱，假使治国也如此，那早晚会亡国！”秦武王听后只好让扁鹊试着医治。扁鹊看了武王的神态，按了按他的脉搏，用力在他的腰间推拿了几下，又让武王自己活动几下，武王立刻感觉好了许多。接着又给武王服了一剂汤药，其病状就完全消失。武王大喜，想封扁鹊为太医令。李谧知道后，担心扁鹊日后超过他，便在武王面前极力阻挠，称扁鹊不过是“草莽游医”，武王半信半疑，但没有打消重用扁鹊的念头。
李谧决定除掉扁鹊这个心腹之患，派了两个刺客，想刺杀扁鹊，却被扁鹊的弟子发觉，暂时躲过一劫。扁鹊只得离开秦国，他们沿着骊山北面的小路走，李谧派杀手扮成猎户的样子，半路上劫杀了扁鹊。相传扁鹊是农历四月二十八日诞生的，人们在他的家乡建造起“药王庙”，专门供祠他。每年四月二十八日这天，大家都举行盛大的纪念仪式。同时，也祈求他保佑人们无病无痛、延年益寿。
扁鹊的许多传奇故事在现代医学看来简直匪夷所思，甚至有记载说扁鹊能直接看透人的内脏，这当然是不可能的，有许多夸张的成分。然而扁鹊在中华医学史中的地位又是不容置疑的，他所创立的“望闻问切”诊断病情的方法到现在仍然适用。而他的传奇故事也许正代表了人们当时对医学的依赖与敬仰，这些故事仍将代代流传下去，塑造扁鹊致力于治病救人的一代医者的伟大形象。