瓦萨里推断道：“所有认识列奥纳多的人对他的去世都无限悲痛。”在这点上我完全忘记了国王，看到床边的梅尔兹热泪盈眶。直到6月1日，梅尔兹才给列奥纳多在佛罗伦萨那同父异母的兄弟们写信，向他们报告了列奥纳多的死讯：“对我，他好像最好的父辈一样”，梅尔兹写道。“只要我体内还存在呼吸，我就会一直感到悲痛。每天，他都向我显示了强烈的慈爱。”[654] 梅尔兹，这位我们了解不多的小伙子，对这种喜爱做出了回报。他成了列奥纳多那“数不胜数”的著作和绘画（或许还不仅仅只是绘画）坚持不懈的捍卫者。这些作品把我们直接带入了列奥纳多的生活，仿佛它们本身就是一种回忆。这回忆乱七八糟地堆满了关于列奥纳多生活的痛苦、梦想的秘密，还有心灵飞翔的零星片断。
列奥纳多躯体遗骸的遭遇远远逊于他那大量抽象的记忆、梦想和沉思。5月肯定举行了一个临时葬礼，因为在接下来的三个月中，列奥纳多在遗嘱中设想的大规模的葬礼并没举行。圣佛罗伦萨教堂的登记簿记载了列奥纳多的葬礼许可证，上面标注的日期是1519年8月12日。法国大革命时教堂遭到了破坏，1802年教堂注定无法维修了，所以教堂被拆除，拆下来的石头和石磨（包括葡萄园中的那些）被用来修补城堡。据说，教堂的园丁——一个叫做古戎的人收集起了分散的所有骨头，把它们埋葬在了院子中的一个角落，或许列奥纳多的遗骨就在其中。
1863年，诗人兼列奥纳多研究专家阿尔塞纳·乌赛挖掘了圣佛罗伦萨现场。在陶器碎片之间，他发现了墓碑的片段（上面刻着EO (…) DUS VINC）和一具几乎完整的头骨。头骨不同寻常的尺寸立刻使他相信，他发现了列奥纳多的遗骸。“我们以前从来没有见过设计得这么好的一个头骨，”他写道，“三个半世纪后，死亡没有减少这壮丽头骨的自豪。”这些骨头现在埋藏于城堡内部的圣胡伯特礼拜堂，就在德帕里斯伯爵树立起来的铭碑下面。然而，它们与列奥纳多的惟一联系在于乌赛那值得怀疑的颅相学的推断。
很可能，埋葬在圣胡伯特礼拜堂的大颅骨曾经容纳了列奥纳多的大脑。但至少有一点可以肯定的是，现在情况不是如此了。笼子空了，心灵已经飞走了。