[...]nco 4
[...]iberdo 4
詹马里亚 4
贝内代托 4
詹彼得罗4
萨莱 3
巴尔托洛梅奥 3
吉拉尔多 4
第一个名字大概是“佛朗哥”（Franco），可能是指弗朗切斯科·加利，人称“小拿破仑”；第五个人指的可能是贾姆彼得利诺·里佐利；倒数第二个只付了较低的膳食费三达克特，可能是巴尔托洛梅奥·苏阿尔迪，人称“小布拉曼特”，他是列奥纳多的朋友布拉曼特的学生。
油画大概是从已画好的场景上三个刻有纹章的半圆壁开始画起，现在大部分已经遭到损坏，但仍然能看到铭文的片断和盾形纹章，以及一个用水果和青草编制的漂亮花环。壁画的主要场景大概是从左侧开始画起。用马泰奥·班代洛的话说，在这个时期，列奥纳多不停地工作，有时还交叉双臂长时间地专注着墙壁。班代洛的描述是以准确的资料为基础的：“列奥纳多偶尔会进行反思，并且专注于改进重要的细节，这使他本已不快的进度更加缓慢……每个人物以及桌上的每个物体的轮廓都表现出或大或小的修改痕迹，修改之处也常涂有旁边的颜色，证明列奥纳多给自己很大的自由度，允许自己不停地进行修改。”修补者发现了列奥纳多反思之后作出的改动之处，其中有对耶稣的手指位置进行的修改，而在最初的版本中手指要更长一些。
1496年的夏天，列奥纳多在绘制《最后的晚餐》的同时，还在装饰某些房间，很可能是贝娅特丽丝公爵夫人在斯福尔扎宫殿的房间。他在那封撕碎的信中也提到了这件事：“别忘了油漆房间的佣金……”
1496年6月8日发生了一件列奥纳多有失风度的事情，这种场面极少发生。这件事情被公爵的一个秘书记录了下来，他写道：“装饰房间的那个画家今天闹出了一件不光彩的事情，他因此愤然离开。”这种紧张状态或许跟写给公爵的另外一封不完整的信的草稿有关，列奥纳多在信中抱怨他的经济困境：“我非常烦恼，你本应该发现我很缺钱，而且……我不得不谋生，这使我只能中断这项工作，参与到不太重要的事务中去，而不能继续执行阁下您委托我的工作。”[318]这项重要工作无疑就是《最后的晚餐》，而那份让他分神的“不太重要”的工作可能就是装饰公爵夫人的房间。
从这封信的语调中可以看出，列奥纳多当时脾气十分暴躁，再读一下那句几乎未加任何遮掩的讥讽的话“我不得不谋生”——这是一种公爵并不熟悉的麻烦。他继续写道：“或许阁下没有给瓜尔蒂埃洛先生更多指示，他还以为我的钱够花……如果您以为我有足够的钱，您一定是被骗了。”这里指的就是瓜尔蒂埃洛·巴斯卡皮，还有人将他称为“公爵的礼物审理员”，即公爵的出纳。列奥纳多好像没有收到某些预期的“礼物”：所谓“礼物”本质上就是金钱，因为不是定期支付所以不能被认为是薪水。关于列奥纳多绘制《最后的晚餐》所得的报酬的记录不少，但其中差别也很大。据班代洛所说，列奥纳多的年薪是2000达克特，但另一个消息灵通人士（季罗拉莫·布加蒂，16世纪中期圣玛利亚感恩教堂的修道士）却说摩尔人每年只付给他500达克特。与《岩间圣母》相比，这已经算不错了，列奥纳多和安布罗焦·德·普雷迪斯为《岩间圣母》总共要求支付1200里拉，约300达克特。
在这封引人注目的信中，从他出乎意料的大发脾气这件事上——城堡中发生的“不光彩的事情”——我们可以从一个侧面感到列奥纳多绘制《最后的晚餐》时正承受着巨大的创作压力，这种压力非但没有被其他事情缓解，还一直不断加重。这也是被班代洛捕捉到的同一个列奥纳多，那个在炽热而安静的大街上大步流星走向圣玛利亚感恩教堂的列奥纳多。
班代洛还讲了一个故事，在这个故事里列奥纳多心情较为轻松：列奥纳多正在跟圣玛利亚感恩教堂的一位尊贵的客人聊天，此人就是雷蒙德·佩劳德红衣主教。有文献可以证明1497年1月底这位主教确实身在米兰。列奥纳多爬下脚手架欢迎他的光临。班代洛回忆说：“他们就很多事情进行了探讨，尤其是绘画的精彩之处，一些当时在场的人说他们希望能看到那些被伟大的作家高度赞颂的古人的作品，这样他们就可以判断我们现在的画家是否能与古人齐名。”为了让这些人高兴一下，列奥纳多讲了一个流浪汉题材的故事，故事说的是年轻的菲利波·利比被撒拉逊人抓起来当作奴隶，最终因为他高超的画技赢得了自由。这个故事与瓦萨里的《著名画家、雕塑家和建筑家传》中菲利波·利比的故事十分接近。这里出现两个问题：瓦萨里是从班代洛那里抄去这个故事的吗？班代洛真的是从列奥纳多·达·芬奇的口中第一次听到这个故事？对此我们的答案只能是：皆有可能。1554年班代洛的《中篇小说》首次在卢卡出版，比《著名画家、雕塑家和建筑家传》的第一版整整晚了四年，但里面的故事当然要写的更早一些，可能在手稿中也有出现。至于列奥纳多，他可能是从菲利波的儿子菲利皮诺那里听到这个故事，他在15世纪70年代认识菲利皮诺，两人关系亲密。同样可能的是，班代洛这个机会主义者编造了一个令人可信的故事，甚至都不用谎称是列奥纳多讲的。