“1490年4月23日，这是我第一次使用这个笔记本”，这个“本子”就是现在的“巴黎手稿C”。这本手稿共有14张纸，折叠起来形成28页，纸张为大开本，非常轻薄，纸上压有一个奇特的水印，由一个小圆圈和两条波浪线组成，样子就像一只长了两条尾巴的蝌蚪，但这个水印无疑指的就是“维斯孔蒂蛇”，它是米兰的一个传统象征。这是列奥纳多的第一本与他人合写的手稿。该手稿的主题是“光的特点”。弗朗切斯科·梅尔兹称其为“一本关于光和影的书”。尽管手稿中列有大量关于这个主题的材料，但列奥纳多却还是不能坚持写完，手稿中还包括许多关于其他领域的笔记和图画，如物理学、声学、游戏、笑话和水。一些纸张上还画有关于具体物体的微小的素描（例如铁锤、钟、小刀、酒桶和正在劈柴的斧子）。手稿中大部分都是中规中矩的图表，而绘制这些小巧的素描则成为他工作之外的放松。这是一项科学性很强的工作，是将光学和几何学完美地结合在一起。手稿上的文字简洁明了，但描绘图示却花费了列奥纳多不少心血。他用钢笔勾勒出细密的平行线来表示光和影的细微而又富有层次的变化。这本笔记本是1490年至1491年间列奥纳多在韦奇奥宫的作品，与那幅音乐家的肖像大致出自同一时期，他在其中大胆采用“明暗对照法”。
就像1489年计划撰写的那本解剖学方面的著作一样，列奥纳多的“关于光和影的书”是他为成为具有全面科学知识的大画家所作的努力的一个表现，也是当时作坊的一种精神特质：大师在传授他的智慧。就像列奥纳多早先对解剖学所作的研究一样，在“光与影”这个领域上他也花去大把时间，手头的工作就像九头蛇一样不停地出现。很快我们就会发现，这个笔记本不过是一个开始。在《大西洋抄本》中一张写得密密麻麻的纸上记录了列奥纳多一项雄心勃勃的计划，即他关于这个主题要写好几本“书”：
我将我的第一条有关阴影的命题表述如下：一切不透明物体及其表面都被阴影和光包围。我将在第一本书中专门阐明这一点。此外，因为这些阴影缺少的光线有程度的不同，因此阴影呈现出多少不同的暗度。又因为这些阴影是撒在物体表面的最初的阴影，故我称它们为“原生阴影”。我会在第二本书中专门对其进行探讨。
第三本书专门探讨派生影，以此类推，他总共要写七本书。
在列奥纳多这个时期写的另一份手稿中，他详细地说明了不同类型的光源（“二级光”、“光反射”等）和不同品质的光，比如穿过玻璃的“约束光”和农村地区户外的“自由光”。他用“撞击”（perchussione）这个词形容光线落到或者撞击物体的感觉。这个词使人感到光是一种动态的东西。在其他地方，他还把光定义成一种“精神的力量”。这里的“精神的”具有“非物质的”或者“不能察觉的”亚里士多德式的哲学意义，即“没有质量的能量”。
列奥纳多就这样不动声色而又近乎固执地为描画阴影和光线定下了规矩，这些规矩是“让人们了解物体形状的最明确的方法”，因而是“卓尔不群的绘画科学”所必需的要素。从中我们能发现列奥纳多的“渐隐法”或“烟状”风格这种最微妙最难以捉摸的效果的科学基础。用他的话说，“不依赖阴线或笔划，阴影和亮部的融合，如同烟雾一般”。这种色彩上具有细微差别的“渐隐法”风格在《蒙娜丽莎》中得到了很好的诠释。在这幅画中，这种画法不仅仅成为光线和阴影的描绘，更是在作品中化成一种情绪或气氛，充满了对秋天稍纵即逝的惋惜。“渐隐法”的层次变化也是描绘距离的方式，对描绘远景起到了辅助作用。在《论绘画》中，列奥纳多认为描绘物体的时候，“远方的物体应该迷失其中”。近物被“明显的分界线所界定”，而那些较远的物体则拥有“烟雾般模糊的界线”。他将之称为“迷失透视法”（与“体积透视法”相区别）。这一短语再次表现了一种跟视觉现象类似的精神层面的气氛：蒙娜丽莎身后延伸的距离是这种“迷失透视法”的一种充满诗意的净化。
也就是在这个时候，他的办公桌上放着一本更小更厚的笔记本。那是标准的八开本，就是现在众所周知的“巴黎手稿A”。这份手稿最初有114页，页码是列奥纳多按顺序标出，但是这份手稿后来却被利布里伯爵撕下50页，其中的10页笔记此后销声匿迹，再也没能出现。“巴黎手稿A”基本上算是本画家的手册，但与传统的佛罗伦萨艺术家的手册却大不相同，比如切尼诺·切尼尼那本《艺术家的手册》。这本手册从画家的角度直接探讨绘画的技巧，还论述了其他不同的主题：光学、透视法、比例、运动和力学等。除此之外，手册还探讨了关于光和影，使人再次想起《蒙娜丽莎》：
绘制肖像画要选在阴天或者夜幕降临时分……在傍晚时刻或者天色阴沉之时，站在街上仔细观察，你会发现来往行人的脸上满是优雅和甜蜜。所以，画家啊，作画之处所在的庭院四周墙壁要涂成黑色，屋顶的瓦片也最好重叠在一起……如果阳光灿烂，就应该用遮阳篷盖起来。作画要选择傍晚时分，阴天或有薄雾的日子，那才是最完美的氛围。
列奥纳多所倡导的更精细、更阴沉的色调具有很强的实用性，与他在佛罗伦萨学到的那种耀眼而灿烂的审美迥然不同。